นีโอได้ค้นพบพลังพิเศษของตน ในเวลาเดียวกันกับที่ไซออนถูกรุกรานจากกองทัพจักรกล จนอาจนำไปสู่อวสานของเผ่าพันธุ์มนุษย์ เขาจึงต้องกลับเข้าไปในโลกแห่งเมทริกซ์อีกครั้งพร้อมกับทรินิตี้ และมอร์เฟียส เพื่อต่อสู้กับฝ่ายเครื่องจักรตามคำทำนายของเทพพยากรณ์ผู้กล่าวว่า เดอะวันจะเป็นผู้มาเพื่อยุติสงครามครั้งนี้