ภายใต้เงามืดของญี่ปุ่น การต่อสู้ลับยังคงดำเนินต่อไป ยังคงมีนินจาราว 200,000 คน ปฏิบัติภารกิจอันตรายในฐานะองค์กรลับ หน่วยข่าวกรองแห่งชาตินินจา หรือ NIN แต่ผู้ท้าชิงก็ปรากฏขึ้น นั่นคือ UNDER NINJA หรือที่รู้จักกันในชื่อ UN นินจาเหล่านี้ต่อต้าน NIN ในทุกทาง หนึ่งใน UN นั้นคือคุโระ เด็กหนุ่มมัธยมปลายผู้โดดเดี่ยวที่ถูกส่งไปแนวหน้า ชะตากรรมของเขาจะเป็นอย่างไร และฝ่ายใดจะชนะ?