สายลับ เจ (วิลล์ สมิธ) และเค (ทอมมี ลี โจนส์) กลับมาอีกครั้ง...และก็ทันเวลาซะด้วย เจได้พบเห็นสิ่งที่ไม่อาจอธิบายได้มากมายตลอดระยะเวลา 15 ปีที่เขาอยู่กับ Men in Black แต่ไม่มีอะไร แม้แต่เอเลียน ทำให้เขางุนงงได้มากเท่ากับคู่หูช่างจิกกัดของเชขา แต่เมื่อชีวิตของเคและชะตากรรมของโลกใบนี้ตกอยู่ในอันตราย สายลับ เจก็จะต้องย้อนเวลากลับไปเพื่อแก้ไขทุกอย่างให้กลับมาสู่ที่ทางของมัน เจค้นพบว่าจักรวาลนี้มีความลับมากมายที่เคไม่เคยบอกเขา มันเป็นความลับที่จะเปิดเผยออกมาเมื่อเขาได้ร่วมงานกับสายลับ เควัยหนุ่ม (จอช โบรลิน) เพื่อช่วยเหลือคู่หูของเขา หน่วยงานและอนาคตของมนุษยชาติ