ปลาเล็กหัวใจทอร์นาโด 2 ในการผจญภัยครั้งที่ 2 นี้ ไพ และ คอร์เดเลีย กลายเป็นพ่อแม่แล้ว และมีลูกชายคือจูเนียร์ ส่วนทรอย ฉลามร้ายศัตรูเก่าของไฟก็ถูกปล่อยออกมาและยกแก๊งฉลาม ออกตามล่าไพ เพียงแค่รอให้น้ำขึ้นเท่านั้น ไพจึงตัดสินใจฝึกสอนศิลปะการป้องกันตัวให้แก่ครอบครัว และเพื่อนปลาด้วยกันเพื่อเตรียมรับมือกับภัยครั้งใหม่ จนเมื่อรอนนี่ ปลาแปลกหน้า ผู้ลึกลับมาพร้อมไอเดียที่จะปกป้องปะการังจนทำให้ปลา แถวนั้นเริ่มไขว้เขว โดยไม่รู้ว่ารอนนี่เป็นสายให้ทรอย เรื่องยิ่งแย่ไปอีกเมื่อคอร์เดเลียถูกทรอยจับตัวไป เวลานี้ไพและจูเนียร์ จึงต้องหาทางช่วยเหลือคอร์เดเลียกลับมา