สถานที่ที่ใช้ในการจัดงานประชุม Tokyo Summit คือ สิ่งก่อสร้างแห่งใหม่ในอ่าวโตเกียวที่มีชื่อว่า Edge of Ocean แต่สิ่งก่อสร้างขนาดมหึมาที่ต้องใช้กำลังตำรวจกว่า 2 หมื่นคน เพื่อรักษาความปลอดภัยสำหรับงานประชุมในวันที่ 1 พ.ค. นั้น กลับเกิดเหตุระเบิดครั้งใหญ่ขึ้น! ที่นั่นมีคนเห็นเงาของ อามุโร่ โทรุ ผู้สังกัดองค์กรลับของกรมตำรวจหรือในอีกชื่อหนึ่งว่า ZERO ซึ่งมีอำนาจสั่งการตำรวจรักษาความมั่นคงทั่วประเทศ และโคนันก็อดสงสัยในการกระทำปริศนาของอามุโร่ที่เคลื่อนไหวอย่างลับ ๆ ไม่ได้ ลายนิ้วมือที่ถูกทิ้งไว้เป็นหลักฐานในที่เกิดเหตุ ทำให้บ่งชี้ได้ว่า คนร้ายคือ โมริ โคโกโร่ ผู้เคยมีชื่ออยู่ในกรมตำรวจ