เมื่อหน่วยงาน S.H.I.E.L.D. ซึ่งทำหน้าที่ปกป้องชาวโลกจากภัยร้ายต่างๆไม่ว่าจากต่างดาวหรือฝึมือมนุษย์ที่มีเทคโนโลยีขั้นสูง ได้ถูกองค์กรไฮดร้าเข้าแทรกซึมทั้งในระดับผู้บริหารและเจ้าหน้าที่ปฏิบัติงาน ทำให้ S.H.I.E.L.D. ถูกครอบงำจากศัตรูเก่าที่ไม่มีใครคิดว่ายังมีตัวตนและรอคอยการกลับมาอย่างเงียบๆ จนทำให้ผู้อำนวยการฟิวรี่ ต้องแกล้งตายเพื่อกลบเกลื่อนร่องรอย โคลสันและลูกทีมจึงต้องหาหนทางที่จะทำลายล้างองค์กรไฮดร้าด้วยตัวเอง